Ada tiga tujuan besar dalam Kongres KUPI kedua, yaitu:
1. Merumuskan paradigma pengetahuan dan gerakan transformatif KUPI, termasuk metodologi perumusan pandangan dan sikap keagamaanya mengenai isu-isu aktual, yang didasarkan pada prinsip-prinsip ajaran Islam yang rahmatan lil ‘alamin dan akhlaq karimah, Konstitusi Republik Indonesia dan perundang-undangan yang berlaku, serta pengetahuan dan pengalaman perempuan.
2. Merumuskan sikap dan pandangan keagamaan ulama perempuan Indonesia mengenai isu-isu aktual tertentu terkait hak-hak perempuan dengan menggunakan paradigma dan metodologi yang diadopsi KUPI tersebut. Isu-isu yang dimaksud adalah tentang pengelolaan sampah bagi keberlanjutan lingkungan, kepemimpinan perempuan dalam melindungi bangsa dari ideologi intoleran dan penganjur kekerasan, perlindungan jiwa perempuan dari kehamilan akibat perkosaan, pemaksaan perkawinan terutama bagi perempuan dan anak-anak, pemotongan dan pelukan genetalia perempuan.
3. Menyediakan ruang refleksi bagi semua aktor dalam gerakan KUPI dan jaringan internasional dalam melihat perkembangan positif kesetaraan gender di masyarakat muslim, peran keulamaan perempuan, praktik-praktik dan tantangan komunitas inter dan intra faiths (agama dan keyakinan) dalam mempromosikan hak-hak perempuan di berbagai belahan dunia.
