Ada 5 isu sentral dalam Kongres KUPI kedua, yaitu:
- Paradigma dan Metodologi, mencakup isu-isu mengenai paradigma KUPI; sumber-sumber pengetahuan dan gerakan KUPI; metodologi keputusan sikap dan pandangan keagamaan KUPI, perspektif perempuan sebagai basis rujukan pengetahuan, aktivisme, dan fatwa dalam KUPI; konseptualisasi dan implementasi kerangka maqashid syari’ah, pendekatan ma’ruf, pendekatan mubadalah, pendekatan keadilan hakiki dalam pengetahuan dan kerja-kerja praktis KUPI.
- Tema keluarga, mencakup isu-isu mengenai pengembangan konsep keluarga yang berbasis pengalaman jaringan KUPI; konsep qiwamah dan wilayah dalam keluarga; relasi marital, parental, dan familial; kekerasan dalam rumah tangga; stunting dan kemiskinan; resiliensi keluarga terhadap berbagai tantangan sosial, seperti pornografi, narkoba, radikalisme dan ekstremisme; termasuk isu-isu khas yang telah menjadi perhatian KUPI, yaitu pemaksaan perkawinan, pemotongan genetalia perempuan, perlindungan jiwa perempuan dari kehamilan akibat perkosaan.
- Kepemimpinan perempuan, mencakup isu kepemimpinan dan peran perempuan dalam melindungi bangsa dari ideologi intoleran dan yang menganjurkan kekerasan; kepemimpinan ulama perempuan di akar rumput; kepemimpinan ulama perempuan di pesantren, dan lembaga/organisasi keagamaan; dan eksistensi dan otoritas kepemimpinan ulama perempuan dalam kerja-kerja advokasi di hadapan negara; untuk berbagai isu yang melibatkan perempuan dan anak-anak, seperti penguatan ekonomi komunitas, perlindungan buruh migran, difabel, lansia, dan kelompok-kelompok rentan yang lain.
- Gerakan keulamaan perempuan, mencakup isu-isu tentang karakter gerakan KUPI; pelibatan jaringan muda dan milenial dalam gerakan KUPI; kerja-kerja digital sebagai kerjasama dakwah dan gerakan KUPI; kerja-kerja kultural dan struktural ulama perempuan dalam merespon maraknya politisasi dan komersialisasi agama, serta radikalisme dan ekstremisme kekerasan.
- Perlindungan dan pemeliharaan alam, mencakup isu-isu pengalaman jaringan KUPI dalam kerja-kerja pelestarian alam; argumentasi teologis untuk kerja-kerja keberlanjutan alam; praktik baik penanganan bencana oleh komunitas agama/kepercayaan dan kearifan lokal; pesantren dan lembaga pendidikan untuk keberlanjutan alam; pengelolaan sampah demi keberlanjutan alam, dan isu-isu lain yang relevan.
